В 1922 году Бакаев был командирован на Рабочий факультет Московского института инженеров транспорта (МИИТ), после окончания которого продолжил обучение в самом институте.
Окончил морское отделение водного факультета МИИТ и был направлен на работу в систему Наркомата путей сообщения.
В 1939 году защитил кандидатскую, а в 1952 году — докторскую диссертацию. Является автором ряда фундаментальных учебников и монографий по эксплуатации морского транспорта, включая широко признанный труд «Эксплуатация морского флота».
Преподавал в Военно-транспортной академии и Ленинградском институте водного транспорта (1937−1942), где был деканом факультета. Был одним из основателей и руководителей кафедры эксплуатации морского транспорта во Владивостокском высшем мореходном училище.