Участие МИИТовцев в самом тяжелом военном конфликте за всю историю России — Великой Отечественной Войне 1941−1945 годов (ВОВ) — особая страница в истории университета. Сотрудники музея РУТ (МИИТ) до сих пор продолжают поисковые работы, восстанавливая фамилии фронтовиков, только за последние четыре года списки участников пополнили более 100 фамилий. В настоящее время известно о 903 фронтовиках, которые были преподавателями, сотрудниками и студентами института транспорта. И это не сухие цифры! Чтобы понять их значимость, достаточно посмотреть на количество выпускников в 1940 году — 688 человек. За каждой фамилией стоит своя судьба.

С началом войны занятия прекратились, институт наскоро переоборудовали под казармы, общежитие и Дворец культуры — под госпиталь. Готовясь к военным условиям, проводили светомаскировку, заклеивали окна, организовывали санитарные, противовоздушные, противопожарные дружины. Многие студенты и преподаватели сразу ушли на фронт или в народное ополчение. На второй день войны все оставшиеся в Москве юноши поехали на трудовой фронт — строить оборонительные сооружения, противотанковые рвы, доты, дзоты.

В первых числах июля 1941 года на территории института начала формироваться 6-я дивизия народного ополчения Дзержинского района Москвы (всего за время войны в Москве было сформировано 12 таких дивизий). Из МИИТа в дивизию добровольно вступили более 200 сотрудников и около 100 студентов. Дивизия комплектовалась очень быстро, с 4-го по 7-е июля 1941 года она была полностью укомплектована.

Коллектив института оказывал большую помощь дивизии. С 5 июля её полностью перевели на казарменное положение, разместив в зданиях МИИТа и некоторых близлежащих школах. Штаб дивизии расположился в первом корпусе института. Институтская поликлиника снабжала лекарствами и бинтами, а фабрика-кухня кормила бойцов, пока они находились в Москве. Личный состав занимался строевой подготовкой, изучением военного устава, обращением с оружием.

8 июля взвод перевели из здания МИИТа в помещение маленькой школы, которая находилась позади Вышеславского общежития. В этой маленькой школе, выложенной из красного кирпича, ополченцы прожили 9 и 10 июля 1941 года. Дни были заполнены учёбой, маршировкой, медицинским осмотром.

Более 170 предприятий и учреждений Дзержинского района направили своих работников и служащих в народное ополчение. В полном составе записался в дивизию Государственный духовой оркестр СССР. В дивизию народного ополчения вошли представители многих предприятий Дзержинского района, но самыми большими по составу были представлены коллективы МИИТа, МЭМИИТа, Министерства внутренних дел, Министерства иностранных дел, заводов «Борец», «Станколит». Состав дивизии был самый разнообразный: тут были совсем молодые рабочие и студенты, начиная от 17 лет, и люди, которым было за пятьдесят лет (людей старше 55 лет в ополчение не записывали). Также же разнообразен был состав людей по специальностям: тут были и дипломаты из Министерства иностранных дел, профессора МИИТа и МЭМИИТа, кадровые военные, которые возглавляли некоторые подразделения дивизии, рабочие промышленных предприятий, строительные рабочие, студенты, даже школьники 10-х классов. Были в дивизии и женщины, но их число было невелико, они составляли санитарный батальон и были в штабах дивизии и некоторых ее подразделениях. Дивизия состояла из людей, которые обладали большим военным опытом, и из людей, которые даже никогда не служили в армии. Дивизия народного ополчения была по составу такой же, как и население Дзержинского района. По состоянию на 7 июля 1941 года дивизия насчитывала 9 000 человек.

День 11 июля начался для ополченцев так же, как и последние дни: утром зарядка во дворе школы, завтрак, после завтрака строевая подготовка, после обеда — изучение устройства окопов, наблюдательных пунктов, подготовка к деятельности сапёров. К вечеру прозвучал приказ выдвигаться. Длинная вереница новых пассажирских автобусов растянулась по улицам Москвы (по архивным данным их было более 200). Город спал: огней не видно, улицы пустынны. Притихшие бойцы смотрели на знакомые улицы, знакомую Москву и прощались с ней… Утром дивизия добралась до Вязьмы.

Дальше был страшный «вяземский котел», из окружения вышло около 2000 человек, менее четверти всех бойцов…

В самом МИИТе быстро были созданы группы противовоздушной обороны, оборудованы бомбоубежища. Группы противовоздушной обороны дежурили ночами. В музее хранится фрагмент одной из зажигательных бомб, упавших на чердак химического корпуса, которую загасил в августе 1941 года профессор МИИТа В. П. Зылев, отец Бориса-ополченца.

Более 600 студентов, рабочих и служащих МИИТа приняли участие в строительстве оборонительных сооружений на подступах к Москве. И можно ещё долго перечислять и участников битвы под Москвой, и бойцов сводного лыжного батальона калининского фронта, и студенческий батальон, и 19 отдельный батальон воздушного наблюдения, в состав которого вошли 23 девочки 1−3 курса — «слухачки», ставшие глазами и ушами зенитчиков в битве под Сталинградом. Девушки-студентки были мобилизованы из эвакуированного в Новосибирск МИИТа.

17 и 20 октября 1941 года два эшелона с МИИТовцами отправились из Москвы в эвакуацию, в Новосибирск. В первом эшелоне разместились преподаватели и их семьи, во втором студенты и значительное количество учебного оборудования. Оба состава прибыли в Новосибирск одновременно в ночь 7 октября 1941 года (почти 20 дней в пути). Коллектив МИИТ получил для размещения небольшое здание средней школы. Помощь оказало управление Томской железной дороги, уплотнило местных железнодорожников, высвободило ряд комнат для размещения МИИТовцев. В декабре 1941 года Новосибирский горсовет выделяет МИИТу еще два школьных здания (удаленных друг от друга на 9 км): одно из них использовали для занятий, второе — под общежитие студентов.

Примерно в таких же условиях находился и Московский электромеханический институт инженеров железнодорожного транспорта (МЭМИИТ выведен из состава МИИТа в 1931 году, возращен в состав в 1954 году), эшелон которого 6 ноября 1941 года прибыл в Томск. Базой института стал Томский электромеханический институт инженеров транспорта. Большая разбросанность помещений, выделенных МЭМИИТу для занятий и общежитий (также находились друг от друга на расстоянии 4−9 км) отнимала у студентов 4−5 часов на поездки в институт и обратно.

В 1941/1942 годах обучалось 1172 студента МИИТа и 738 студентов МЭМИИТа.

Выпускники МИИТа вносили свой весомый вклад в Победу не только на передовых. Многие выпускники МИИТа самоотверженно выполняли свой долг в различных частях и соединениях железнодорожных войск и в службе ВОСО. МИИТовцы внесли огромный вклад в организацию, технологию и разработку новых мостовых конструкций и средств механизации, что помогало решать сложные задачи восстановления мостов в кратчайшие сроки.

Свой вклад в Победу вносил и преподавательский состав института. Например, профессор МИИТа, академик В.Н. Образцов в 1941 году предложил ряд технологических мероприятий по организации ускоренной перевозки грузов на железнодорожном транспорте. За свою деятельность дважды (в 1942 и 1943 годах) удостаивался Государственной премии СССР. Профессор С.П Сыромятников возглавил работы по поиску путей повышения экономичности паровозов. Коллектив кафедры под его руководством разработал комплексную модернизацию паровозов серии Э и О, что дало экономию топлива до 30%. В 1943 году был избран действительным членом АН СССР, стал Лауреатом Государственной премии СССР.

Сотрудниками музея РУТ (МИИТ), благодаря работе с архивами, поисковиками, родственниками фронтовиков, удалось восстановить фамилии 170 ополченцев-МИИТовцев из 300. По некоторым сведениям, списки ополченцев — МИИТовцев были уничтожены в октябре 1941 года, поиски продолжаются.

В 1981 году в районе орденоносной Ельни, около деревни Ушаково — там, где действовала 6 Дивизия Народного ополчения, — МИИТовцы посадили берёзовую рощу из 300 деревьев, соорудили памятник ополченцам, погибшим в боях за Родину. Каждый год перед Днём Победы студенты приезжают в Ушаково, ухаживают за рощей и дают концерты населению.

5 мая 2006 года у входа в первый корпус РУТ (МИИТ) установлена памятная доска, посвященная 6-й дивизии народного ополчения. На барельефе доски изображены три ополченца. Первому из них скульптор Алексей Викулов придал сходство с командиром сапёрного взвода дивизии, МИИТовцем Б. В. Зылёвым.

Одним из наиболее памятных мест для МИИТовцев всех поколений является Памятник воинам МИИТа, погибшим в боях за Родину в 1941—1945 годах, установленный в сквере института в 1970 году, на средства, собранные в коллективе студентами, преподавателями и сотрудниками. На нем установлены бронзовые плиты с фамилиями более 200 МИИТовцев, погибших в боях за Родину. В основании памятника замурованы капсулы со священной землей городов-героев: Москвы, Сталинграда, Севастополя, Одессы, Новороссийска, Киева, Минска, Тулы, Ленинграда, крепости-героя Бреста.

Как уже упоминалось, осенью 1941 года МИИТ и МЭМИИТ были эвакуированы в Новосибирск и Томск. Весной 1942 года НКПС СССР оповестило о возвращении МИИТа и МЭМИИТа в Москву. Большинство преподавателей вернулись в Москву без семей, семьи возвращены из эвакуации лишь в 1943 году.

В новом учебном 1942/1943 году пришлось уступить уже часть учебных помещений МИИТа Ленинградскому институту инженеров железнодорожного транспорта (ЛИИЖТ). Дом культуры и часть общежития на 2-м Вышеславцевом переулке.

За успешную подготовку специалистов в условиях военного времени и в связи с 25-летием МЭМИИТ 1 декабря 1945 г был награжден орденом Трудового Красного знамени, а через год по случаю 50-летия МИИТу был вручен орден Ленина.